Учреждение возглавляет прошедший соответствующую аттестацию Руководитель (директор), назначаемый на эту должность Главой Петрозаводского городского округа.
Компетенция заместителей Руководителя Учреждения устанавливается Руководителем Учреждения самостоятельно.
Управление Учреждением строится на принципах единоначалия и самоуправления.
В Учреждении формируются коллегиальные органы управления, к которым относятся Общее собрание (Конференция) работников Учреждения, Педагогический совет, Научно-методический совет.
В целях учета мнения обучающихся, родителей (законных представителей) обучающихся и педагогических работников по вопросам управления Учреждения и при принятии Учреждением локальных нормативных актов, затрагивающих их права и законные интересы, по инициативе обучающихся, родителей (законных представителей) обучающихся и педагогических работников в Учреждении создаются Совет родителей Учреждения и Совет школы.